Problemas medioambientales

Desde el Desastre de la presa de Aznalcóllar la concienciación sobre los riesgos mediambientales a los que está expuesto el espacio natural ha aumentado. Diversos estudios y grupos ecologistas inciden de manera recurrente en una serie de problemas que ponen en riesgo flora, fauna y suelo. Si bien la presión urbanizadora y sus diversas demandas ha sido un problema a lo largo de los años ésta no es la única problemática asociada.
Se han considerado por ejemplo una serie de problemas relacionados con las infraestructuras cercanas al parque. En este sentido se ha criticado desde diversos sectores ecologistas el proyecto de creación de un oleoducto entre Extremadura y el Puerto de Huelva que aumentaría considerablemente el tráfico de buques petroleros por la zona, con el consiguiente riesgo de mareas negras. Por otra parte la necesidad de dragar frecuentemente el Guadalquivir para permitir la entrada-salida de buques hacia el Puerto de Sevilla se ha señalado como causa de serias alteraciones en la dinámica del estuario. Adena ha vinculado el paso de estos barcos con la entrada de nuevas especies animales en los ecosistemas, cuando éstos soltaban agua de lastre en la que se contenían estas especies.

El Puerto de Huelva, a escasos kilómetros del preparque, constituye uno de los principales riesgos medioambientales.
Otro problema son las extracciones de agua para regadíos, muchas de ellas ilegales, que se han duplicado desde finales de los años 1980 para mantener cultivos intensivos como el del algodón o el del arroz. Las demandas de agua de complejos residenciales cercanos como Matalascañas (Almonte) también podría afectar la dinámica de aguas en el parque. Por último se plantean posibles riesgos de salinización de sus aguas relacionados con el cambio climático. Así, la entrada de agua salada procedente del Atlántico podría poner en peligro a varias especies animales. Por el contrario, los riesgos de desertización también serían patentes.
Pero el mayor desastre natural al que se ha enfrentado Doñana ocurrió el 25 de abril de 1988. Ese día una balsa de la empresa Boliden-Apirsa en Sanlúcar la Mayor y que contenía en torno a 8 hm³ de residuos de metales pesados se rompió produciendo un importante vertido al cercano río Guadiamar y desplazándose a través de éste al preparque. Aunque ahí fue frenado mediante diques y desviado al Guadalquivir camino al mar se evidenció los riesgos ambientales a los que está sometido el débil ecosistema del espacio natural de Doñana. Para garantizar un desarrollo sostenible tanto en el espacio natural como en las comarcas cercanas y así contrarrestar esta problemática mediambiental una Comisión Internacional de Expertos se reunió en 1992 para proponer soluciones. Todo ello fue origen del denominado Plan de Desarrollo Sostenible de Doñana y su Entorno, la Fundación Doñana 21 que se define textualmente como:
«Un plan, instrumentalizado a través del Programa Operativo Doñana, cofinanciado por la Junta de Andalucía y el Estado Español y los Fondos Feder, Fse y Feoga, un conjunto de actuaciones tanto de infraestructuras como de dinamización del tejido social que procuran un nuevo modelo de desarrollo económico y social compatible con la preservación de un Patrimonio Natural de extraordinaria importancia y biodiversidad como el de Doñana.»
Dicho plan estableció entre sus objetivos el impulsar una serie de actuaciones que fueran beneficiosas para el espacio natural, convertirse en interlocutor con las instancias nacionales y europeas o promover la participación de los diversos agentes relacionados con el parque en un desarrollo sostenible de la zona.